Что бы изменить не только имя виртуальной машины, но и имена файлов в хранилище, нужно выключить эту vm, переименовать её, а после мигрировать на другой Datastore.

В итоге мы получим новое имя не только виртуальной машины, но и новые имена всех файлов и папок с ней связанные.